第一个结局通关31。毒蛇向Skullface完成了复仇，正如本作的主题revenge一样。Zero并不是罪魁祸首，所以这里就已经完成了复仇。
第二个结局通关45。静静离开，静静为了拯救毒蛇，寄生虫发作，独自一人消失在了沙漠之中。
隐藏结局，无核结局：
首先通关剧情任务31，自己不拥有并且也没有在进行开发核弹，然后当前所在平台的服务器上满足官方特定条件，最后服务器上面所有的核兵器都被废弃，保有数量为0即可触发隐藏结局。
《合金装备5幻痛》PAZ隐藏剧情一览，合金装备5幻痛帕兹PAZ死没死？幻痛里的Paz是幻觉，因为主角Snake苏醒来时丧失了部分记忆，以前是big boss的贴身医官，个人认为是他自己认为当年是自己工作没有到位导致没有发现第二枚炸弹，将空难的责任归咎于自己，这种愧疚感作为潜意识保留了下来，再加上后来山猫等人的暗示使他认为自己是big boss，潜意识和假信息，再加上生理上的病因，造成了这种幻觉，VS再内心一直都试图弥补当年自己的“过时”而自我暗示假想出Paz还活着这一假象。
合金装备5幻痛百科？《合金装备5幻痛》为小岛工作室开发，Konami发行的动作冒险游戏。游戏分为两部分，前传《合金装备V：原爆点》和正传《合金装备V：幻痛》。除此之外，还附带同世代的多人对战游戏《合金装备Online3》。由小岛工作室基于FOX引擎开发的合金装备系列第五代作品序章《合金装备V：原爆点》（METALGEARSOLIDVGROUNDZEROS）于2014年3月20日同步抵达PS3、PS4、Xbox360和XboxOne，并在之后登录了PC平台。
《合金装备5：幻痛》故事剧情怎么样？还行吧，不是很长，主要讲bigboss（替身）重建属于自己的私人武装钻石犬和对抗骷髅脸的XOF的故事，该作的核心是“语言寄生虫”，和合金装备“撒赫勒猿人”，骷髅脸打算用这种超级武器来消灭世界上的敌对势力，主角则要破坏他的阴谋。。。
